Қазақстан Республикасы Мәдениет және спорт министрлігінің қолдауымен Отырар қалажұртында Отырар мемлекеттік археологиялық қорық-музейінің қызметкерлері «Қазақ хандығының қалалары: саяси, экономикалық және мәдени өмірдің орталықтары» тақырыбында археологиялық қазба жұмыстары басталған болатын. Қазба жұмысы екі жерге, шартты түрде Бердібек сарайы аталып отырған архитектуралық кешеннің солтүстік-шығыс бөлігінен 11х15 м көлемінде, яғни, 160 м² көлемінде және XV-XVI ғғ. тән мешіттің солтүстік-батыс бөлігінен салынды.
Қазіргі таңда Бердібек сарайдың солтүстік-шығысына салынған қазба жұмысы барысында екі құрылыс қабаты анықталып зерттелді. Қазба жұмысы барысында бұл жерден анықталып отырған құрылыс қалдықтары XVI-XVII ғғ. тән екендігі белгілі болды. Жоғарғы құрылысқа тән тұрғын үй орындарының сақталуы нашар, жауын-шашын әсерінен шайылып, езіліп кеткен. Тұрғын үй қабырғаларының тек соңғы қатарлары ғана сақталып отыр. Қазба жұмысы барысында анықталған тұрғын үй қалдықтары толығымен сипатталып, сызбалары мен суреттері түсіріліп, төмен қарай қазу мақсатында алынып тасталды.