Музей 1979 жылдың 11-мамырынан бастап ғылыми зерттеу, Мәдени ағарту және Қазақстанда алғаш рет археологиялық тарихи ескерткіштерді қорғау мекемесі, 1982 жылдан Отырар аймағындағы тарихи ескерткіштерді қорғайтын қорық-музей болып табылады. Қазіргі таңда музей Республика көлемінде археологиялық жәдігерлерді зерттеу, қазба жұмыстарын жүргізетін, реставрация және консервация арқылы ескерткіштердің сақталуын қадағалайтын, сонымен қатар халқымыздың этнографиялық және рухани, мәдени мұраларын жинақтап сақтау, зерттеу жұмыстарын жүргізетін бірден-бір мекеме.
Қорық-музей қарамағында жалпы көлемі 11000 гектарды алып жатқан 3-республикалық 73-жергілікті дәрежедегі тарихи-мәдени ескерткіштер бар. Музей ғимараты үш қабатты кешеннен тұрады.
Бірінші қабатта қор-сақтау бөлмелері, ғылыми бөлімдер және кітапхана орналасқан.
Екінші қабатта музей экспозициясының археологиялық бөлігі жасақталған. Экспозицияда Отырар және осы өңірдегі археологиялық ескерткіштерге айналған қалалар мен қалашықтардың терең тарихына байланысты І-ХVІІІ ғасырлар аралығын қамтитын жәдігерлер кеңінен көрсетілген.
Үшінші қабаты ХІХ-ХХ ғасырлар аралығындағы Қазақ халқының тұрмыс тіршілігі, шаруашылығы, қолөнері және мәдениетін көрсететін этнографиялық жәдігерлер мен экспозицияланған.
Музейде Археология ғылыми-зерттеу бөлімі, Тарихи ескерткіштерді қорғау ғылыми-зерттеу бөлімі, Реставрация және консервация ғылыми-зерттеу бөлімі, Қор сақтау ғылыми-зерттеу бөлімі, Этнография, әдебиет және мәдени-көпшілік іс-шаралар ғылыми-зерттеу бөлімі, Экспозиция, экскурсия және қоғаммен байланыс ғылыми-зерттеу бөлімдерімен қатар кітапхана жұмыс жасайды.
Қазақ өркениетінің алтын діңгегі атанған Отырар жеріне бұл күндері жер жүзінен аса қызығушылықпен ғалымдар мен саяхатшылар жылдан-жылға көптеп келуде. Осыған байланысты Отырар музейі келушілер көріп тамашалайтын қазіргі туристік нысандар музей экспозициясы, Арыстанбаб кесенесі және Отырар төбеге қосымша келешекте Ұлы Жібек жолы бойына орналасқан тоғыз туристік нысанды қосуды жоспарлап отыр.
Мұндағы біздің мақсатымыз Отырар өңірінің терең тарихы мен мәдениетін насихаттайтын асыл мұраларымызды сақтап ғылыми тұрғыдан жүйелеп адамзат иелігіне тапсыру болып табылады.