Қойнауы тұнып тұрған тарихқа толы, көне өркениет орталығы, қазақ өркениетінің алтын діңгегі, ұлттық тарихымыздың қорына қосар үлесі мол Отырар жерінде 1979 жылы Қазақ ССР-і Министрлер Кеңесінің № 219-р шешімімен Отырар оазисіндегі тарихи-мәдени ескерткіштерді қорғау, сақтау негізінде Отырар мемлекеттік археологиялық қорық-музейі құрылды. Музейдің негізгі міндеті болып табылатын музейлік құндылықтарды сақтау және есепке алу жұмыстарын жүргізетін қазіргі қор сақтау бөлімінің тарихы музей тарихынан да ертерек.
1967 жылы жергілікті тарихшы ұстаз Асантай Әлімов ашқан мектеп музейінен басталады деуге негіз бар. А. Әлімовтің жетекшілігімен оқушылар ел аралап жүріп 600-ден астам жәдігер жинады. Жәдігерлер мектеп музейіне сыйыспағандықтан А. Әлімовтің ауданнан музей ашу керек деген ұсынысының арқасында аудандық өлкетану музейі 1975 жылы сол кездегі Қызылқұм ауданының орталығы Шәуілдірден облыстық өлкетану музейінің филиалы ретінде ашылды.
1982 жылы Отырар мемлекеттік археологиялық қорық-музейі толық пайдалануға беріліп, Қызылқұм аудандық өлкетану музейінің қорындағы 764 дана жәдігер Отырар мемлекеттік археологиялық қорық - музейінің қорына түгелімен алынды. Музей ғимаратынан жәдігерлерді сақтауға жалпы көлемі 254 ш/м-ді құрайтын 5-бөлме берілді. Қор сақтау бөлмелеріне жинақталған аталмыш жәдігерлер негізгі және қосалқы қорлар болып бөлінді, сонымен қатар бас және қосалқы түсім кітаптарына тіркелді. 1997 жылдардан бастап музейдегі қор жұмысында өзгерістер болды. Сақтау бөлмелерінде аралас тұрған археологиялық және этнографиялық жәдігерлер бөлініп алынды. Барлық қор сақтау бөлмелеріне сөрелер мен шкафтар жасалып, жәдігерлер жүйе-жүйесімен тіркеу номерлері бойынша орналастырылып, қор жұмысы біршама ретке келтірілді. Музейдің бас қор сақтау қызметін атқарған қызметкерлер: 1. Анпилова Зинаида Григориевна – 1980-1983 жж. 2. Асантай Әлімов – 1984 ж. 3. Анпилова Зинаида Григориевна – 1984-1996 жж. 4. Әпекова Райхан Оразханқызы – 1996-2002 жж. 5. 2002 жылдың күзінен бастап бас қор сақтаушы міндетін музейдің аға ғылыми қызметкері Ералы Төлендіұлы Шоқай атқарып келеді. Қордағы жәдігерлердің барлығы дерлік түпнұсқа және сирек кездесетін құнды заттар. Олар мемлекеттік «Мұражай құндылықтарын есепке алу және сақтау жөніндегі нұсқаулық» негізінде және музейішілік ережелерге сай сақталуда. Қазіргі таңда музейде мүмкіндігінше жаңа бағытта жұмыс жүргізу үшін жағдайлар қарастырылған. 2012 жылғы күрделі жөндеу барысында барлық қор сақтау бөлмелеріне жылу, жарық, ауа тазартқыштар, жаңа тор есіктер және өртке қарсы дабылқаққыштар, сақтық дабылқаққыштары, экспозиция залдарына бейне камералар орнатылды, сонымен қатар қосымша қор сақтау бөлмесі берілді. Барлық бөлмелер өрт қауіпсіздігі, басқа да жағдайларға төзімді жаңа стеллаждар, шкафтар, сейфтермен қамтамасыз етілуде. Бұл жасалынып жатқан жұмыстар ұлттық құндылықтарымызды мейлінше ұзақ сақтауға, оларды зерттеп, зерделеп, ұлт тарихының әлемдік деңгейде насихатталуына және келер ұрпаққа түпнұсқа күйінде жеткізу үшін маңызы зор.