Археология бөлімі – 2014 жылы құрылды. Отырар өңірінде орналасқан тарихи-мәдени ескерткіштерге археологиялық зерттеулер жүргізеді және ескерткіштерге жүргізілетін реставрациялық және реконструкциялық жұмыстарды қадағалайды, Қазақстан Республикасының және халықаралық заңнамаларды басшылыққа ала отырып, төмендегі бағытта жұмыс жүргізеді:
Тарихи нысанның орналасу ерекшелігіне байланысты мемлекеттік акт алуды, анықталған тарихи-мәдени ескерткішке сараптама жүргізіп, ескерткіш мәртебесін анықтау шараларын ұйымдастырады; Ескерткіштердің қорғау аумағын белгілейді, ғылыми паспорты мен есепті карточкасын толтыру жұмыстарымен айналысады; Халықаралық, республикалық дәрежелерде қолға алынған бағдарламалар мен жобаларға қатысады, экспедициялар мен көрмелер ұйымдастырып, бірлескен ғылыми еңбектер шығарумен, халықаралық және республика көлемінде ұйымдастырылған ғылыми конференциялар мен семинарларға қатысады; Мұражай қорын толықтыру мақсатында экспедициялар ұйымдастырып, жәдігерлер жинаумен айналысады;