В одном из центров древней культуры Казахстана – в Отрарском оазисе, в с. Шаульдер согласно распоряжения Совета Министров Казахской ССР в 1979 г. № 219-р был организован Отрарский государственный археологический заповедник-музей на котором была возложена задача сохранения и охраны памятников. История сохранения и учета музейных ценностей, что хранятся в фонде музея-заповедника имеет свою предысторию.
1967 г. местный учитель историк Асантай Алимов начал собирать экспонаты в школьном музее. Под его руководством ученики собрали более 600 экспонатов. На основе собранного в школьном музее экспонатов в центре Кзылкумского района в 1975г. был открыт районный филиал Областного краеведческого музея.
1982 г. было построено здание Отрарского государственного археологического заповедника-музея и весь фонд Кызылкумского районного краеведческого музея - 764 экспоната были переданы Отрарскому государственному археологическому заповеднику-музею. В здании музея для хранения экспонатов были выделены 5 помещений общей площадью 254 кв/м. Собранные в этих помещениях экспонаты были разделены на основной и вспомогательный и внесены в инвентарные книги: главный и вспомогательный. С 1997 г. в фондовой работе внесены значительные изменения. Распологавшиеся раньше вместе археологический и этнографический материал был разделен. Во всех помещениях-хранилищах появились полки и шкафы, экспонаты были размещены в определенной системе согласно инвентарному номеру, что привело к определенному упорядочению фондов. Главными хранителями Отрарского государственного археологического заповедника-музея в различные годы являлись: Анпилова Зинаида Григориевна – 1980-1983 гг. Асантай Алимов – 1984 г. Анпилова Зинаида Григориевна – 1984-1996 гг. Апекова Райхан Оразханқызы – 1996-2002 гг. С осени 2002 г. главным хранителем-зав. Отдела фондов является Ералы Толендиулы Шокай. Хранящиеся в фондах экспонаты являются оригиналами, уникальными, ценными памятниками. Они хранятся согласно требованиям «Инструкции по учету и музейных ценностей». В настоящее время в музее созданы условия для фондовой работы. В 2012 г. был проведен капитальный ремонт и фондохранилища обеспечены отоплением, светом, вентиляцией, новыми решетчатыми дверьми, пожарной сигнализацией, охранной сигнализацией, в экспозиционных залах появились видеокамеры, выделены дополнительное помещение для фондов. Все помещения снабжены стелажами, шкафами, сейфами с противопожарной пропиткой. Это обеспечивает надежное хранение оригальных музейных экспонатов, дает возможность исследования, пропагандировать культурное наследие.